Samuel, der Sohn von Josef ibn Nagdela, besser bekannt als Rabbi Samuel Hanagid (der regierende Prinz), wurde im Jahr 4743 (17 Jahre vor dem Ende des 10. Jahrhunderts n.u.Z.) in Córdoba, Spanien, geboren. Er war ein Schüler des großen Rabbi Enoch, der auf wundersame Weise unter den „Vier Gefangenen” nach Córdoba gebracht worden war. Samuel studierte auch Sprachen und beherrschte neben Hebräisch auch Arabisch und Latein.

Im Jahr 4773 (1013), als der Bürgerkrieg in Córdoba zu einer weit verbreiteten Verfolgung der Juden führte, war Samuel gezwungen, Córdoba zusammen mit zahlreichen anderen Juden zu verlassen und sich in Málaga niederzulassen. So wurde das große wirtschaftliche und kulturelle jüdische Zentrum von Córdoba zu dieser Zeit fast vollständig zerstört, aber gleichzeitig entstand ein anderes großes jüdisches Zentrum, nämlich Granada, die neue Hauptstadt des arabischen Königreichs. Samuel machte sich auf den Weg dorthin und ließ sich in dieser Stadt nieder. Gleichzeitig gab er seine Studien nie auf und arbeitete hart am Studium des Talmud und der Wissenschaften, wann immer er Zeit dafür fand. Bald wurde er als großer Dichter und Schriftsteller bekannt, nicht nur in Hebräisch, sondern auch in Arabisch. Seine perfekte Beherrschung der arabischen Sprache, Grammatik und Literatur wurde dem Wesir Abū al-Kāssim ibn al-Adīph bekannt. Der Wesir lud ihn in sein Haus ein, um ihn kennenzulernen. Er war so beeindruckt von seiner Gelehrsamkeit und Weisheit, dass er ihn zu seinem persönlichen Sekretär und Berater ernannte. Je besser der Wesir seinen jüdischen Freund kennenlernte, desto mehr war er von seiner großen Staatskunst und politischen Klugheit sowie von seiner Ehrlichkeit und Zuverlässigkeit überzeugt. Der Wesir unternahm nichts, ohne vorher Samuel zu konsultieren.

Eines Tages wurde der Wesir sehr krank, und Kalif Habus kam, um seinen sterbenden Wesir zu besuchen. Der Kalif sagte dem Wesir, wie leid es ihm tat, seinen fähigen und ergebenen Minister gehen zu sehen, woraufhin der Wesir ihm gestand, dass er all seinen Erfolg seinem fähigen jüdischen Sekretär und Berater verdankte. Und so ernannte der Kalif Samuel anstelle des Wesirs, als dieser starb.

Das Amt des Wesirs war das des Staatsministers, das höchste Amt nach dem des Kalifen selbst. Gleichzeitig behielt Rabbi Samuel seine Position als Rabbiner seiner großen und blühenden Gemeinde und auch als Direktor der Talmud-Akademie von Granada. Er kümmerte sich nie auch nur einen Moment lang nicht um seine Brüder und sein Land und diente beiden mit gleicher Hingabe. Als Gemeindevorsteher und Leiter der Akademie förderte Rabbi Samuel Hanagid (wie er nun von all seinen treuen Brüdern genannt wurde) das Studium der Tora, und Granada wurde zu einem bedeutenden Talmudzentrum.

Wie er sich gegenüber seinen Feinden verhielt, die ihn um die Ehre und Wertschätzung beneideten, die er genoss, lässt sich am besten an der folgenden Geschichte erkennen: Eines Tages, als Samuel Hanagid den Kalifen durch die Straßen von Granada begleitete, rief ein bösartiger arabischer Parfümverkäufer einige beleidigende Worte in Richtung des jüdischen Wesirs. Der Kalif wurde wütend. Er befahl, den Übeltäter vor ihn zu bringen, und forderte den Wesir auf, ihm gemäß dem damaligen Gesetz die Zunge herauszuschneiden. Anstatt ihn auf die vom Kalifen geforderte Weise zu bestrafen, schenkte Rabbi Samuel dem Übeltäter etwas und sagte zum Kalifen: „Ich habe ihm nicht nur seine böse Zunge herausgeschnitten, sondern ihm stattdessen eine gute gegeben.“

Als Kalif Habus starb und sein Sohn Badis ihm nachfolgte, behielt Rabbi Samuel sein Amt als Wesir. Tatsächlich vertraute der Kalif seinem fähigen Wesir die Leitung aller Staatsgeschäfte an, da er selbst sich voll und ganz dem Vergnügen hingeben wollte, ohne sich mit Staatsangelegenheiten belasten zu müssen.

Der Ruhm von Rabbi Samuel wuchs täglich, aber gleichzeitig blieb er bescheiden und liebevoll wie immer. Er war besonders freundlich zu Gelehrten, und viele jüdische Talmudisten, Philosophen und Dichter waren seine ständigen Gäste, die er aus eigenen Mitteln unterstützte, damit sie sich ungestört ihren Studien und ihrer kreativen Arbeit widmen konnten. Unter ihnen war der berühmte jüdische Dichter Rabbi Solomon ibn Gebirol. Er beschäftigte auch viele Schreiber, die wichtige hebräische Bücher kopierten, und tat alles, um die Tora und die jüdische Kultur zu fördern. Rabbi Samuel ist auch der Autor eines Werks mit dem Titel „Mevo Hatalmud“ (eine Einführung in den Talmud), das später mit jeder Ausgabe des Talmud veröffentlicht und sogar ins Lateinische übersetzt wurde.

Samuel Hanagid starb im Jahr 4816 (1056) in Granada und wurde von der jüdischen und arabischen Bevölkerung gleichermaßen betrauert. Sein Nachfolger wurde sein Sohn Rabbi Josef Hanagid.